Može li se upotreba Izotermalnog pojačala za otkrivanje RNA koristi za otkrivanje alternativnog spajanja RNA?

Može li se upotreba Izotermalnog pojačala za otkrivanje RNA koristi za otkrivanje alternativnog spajanja RNA?

U dinamičnom polju molekularne biologije, istraživanje alternativnog spajanja RNA pojavilo se kao ključno područje studija. Alternativni spajanje je proces kojom se egzoni pre - Messenger RNA (pre - MRNA) pridružuju različitim kombinacijama, što dovodi do proizvodnje više MRNA ISOFORMS iz jednog gena. Ovaj fenomen uvelike povećava složenost proteoma i igra značajne uloge u različitim biološkim procesima kao što su razvoj, diferencijacija i napredovanje bolesti. U međuvremenu, RNA izotermni kompleti za pojačavanje postali su moćni alati u otkrivanju nukleinske kiseline zbog njihove jednostavnosti, brzine i sposobnosti davanja reakcija na konstantnoj temperaturi. Kao dobavljač Izotermskih kompleta RNA, često primamo ispitivanja o tome da li se naši setovi mogu efikasno koristiti za otkrivanje alternativnog spajanja RNA.

Prvo, razumijemo princip rada RNA izotermatskih kompleta pojačanja. Ovi setovi su dizajnirani da pojačaju specifične RNA sekvence pod stalnim temperaturnim uvjetima, eliminirajući potrebu za biciklizam temperature potrebne u tradicionalnoj lančanoj reakciji polimeraze (PCR). Postoji nekoliko dobro - poznatih izotermatskih metoda pojačanja, kao što su petlja - posredovana izotermna pojačala (lampa), nukleinska kiselina Sekvencija - na bazi pojačanja (NASBA) i pojačalo rekombinaza (RPA). Na primjer, u lampi, temeljni premazi dizajnirani su za prepoznavanje šest različitih regija na ciljnoj RNA, a DNK polimeraza s pramenom - raseljava djelatnost koristi se za sinteza DNK na konstantnoj temperaturi oko 60 - 65 ° C. To rezultira brzom akumulacijom pojačanih proizvoda koji se mogu otkriti raznim sredstvima, uključujući fluorescenciju i zamućenost.

Kada je u pitanju otkrivanje alternativnog spajanja, cilj je razlikovati različite MRNA Isoforms generirane iz istog gena. Ključ leži u dizajniranju odgovarajućih temeljnika za temeljne premalo koji mogu posebno usmjeriti na jedinstvene spajanje svake izoformacije. Izotermalni setovi za pojačavanje RNA mogu se u teoriji biti vrlo prikladni za ovaj zadatak. Visoka osjetljivost izotermnih metoda pojačanja omogućava otkrivanje niskog - obilja MRNA ISOFORMS. Uz to, mogućnost izvođenja reakcija na konstantnoj temperaturi čini tehniku ​​pristupačnijim i manjim pogreškama - sklonim u odnosu na PCR, posebno u postavkama gdje nije dostupna sofisticirana termalna biciklizma.

Nudimo niz Izotermskih setova za pojačavanje RNA koji se mogu potencijalno primijeniti na otkrivanje alternativnog spajanja. TheMira RNA izotermalna brzo pojačana kit nukleinska kiselina test trakaje zgodna opcija. Koristi testnu traku za vizualno otkrivanje pojačanih proizvoda, što je posebno korisno za brz i na mreži. Ovaj komplet može se koristiti za dizajniranje prajmera koji ciljaju različite spojnice za spajanje, a rezultati se mogu dobiti u relativno kratkom vremenu. Metoda otkrivanja test traka je jednostavna i ne zahtijeva složenu laboratorijsku opremu, što ga čini dostupnim širem opsegu korisnika.

Druga opcija jeMira RNA izotermalna brzo pojačana komplet za pojačavanje fluorescencija - II. Ovaj komplet zapošljava detekcija zasnovanu na fluorescenciji, koja pruža više kvantitativnijih i osjetljivih rezultata. Fluorescentne boje su ugrađene u reakciju pojačanja, a povećanje intenziteta fluorescencije proporcionalno je količini pojačanog proizvoda. Projektiranjem prajmera specifičnim za različite varijante spajanja, ovaj komplet može precizno kvantificirati relativno obilje svake izolo u uzorku. Ovo je posebno važno u istraživanju gdje razumijevanje izrazivanja izraza različitih izoformama spajanja je presudno, na primjer, u proučavanju molekularnog mehanizma bolesti.

Jedan od glavnih izazova u korištenju RNA izotermatskih kompleta za pojačavanje za otkrivanje alternativnog spajanja je temeljni dizajn. Budući da se alternativni događaji spajanja mogu pojaviti u različitim uzorcima, spojnice za spajanje mogu biti prilično složene. Dizajn temeljnog premaza mora uzeti u obzir ne samo specifičnost sekvence spojene spajanja, već i sekundarnu strukturu cilja RNA. Nepravilni dizajn temeljnika može dovesti do ne specifičnog pojačanja, križ - reaktivnost između različitih izoformama ili neuspjeha da pojačaju ciljni izoform. Za prevazilaženje ovih izazova, napredni bioinformatički alati mogu se koristiti za predviđanje sekundarne strukture ciljanog RNA i dizajniranih optimalnih prajma sa visokom specifičnošću.

Pored dizajna temeljnog premaza, priprema uzorka je takođe presudna. Visoka - kvalitetna ekstrakcija RNA ključna je za osiguranje integriteta MRNA ISOFORMS-a. Kontaminanti u uzorku RNA, poput genomičke DNK, proteini i soli, mogu ometati reakciju pojačanja. Stoga bi se prije korištenja Izotermalnog amplifikacijskog kompleta trebala biti zaposlena odgovarajuće metode za vađenje i pročišćavanje RNA.

Nadalje, validacija je važan korak. Kada koristite Izotermni komplet za pojačavanje za otkrivanje alternativnog spajanja, rezultati trebaju biti potvrđeni koristeći druge tehnike, poput obrnutog - kvantitativnog PCR-a za transkripciju (RT - QPCR) ili RN. RT - QPCR je dobro - uspostavljena metoda za kvantificiranje MRNA nivoa i može se koristiti za potvrdu rezultata dobivenih iz izotermnog pojačanja. RNA sekvenciranje, s druge strane, pruža sveobuhvatan prikaz transkripta, omogućavajući identifikaciju romana događaja i validacije poznatih.

Razmotrimo neke praktične primjene u kojima RNA izotermni kompleti za pojačavanje za otkrivanje alternativnog spajanja mogu biti korisno. U istraživanju raka, alternativni spajanje često je srođeno, a specifično spajanje ISOFORMS mogu poslužiti kao biomarkeri za dijagnozu raka, prognozu i odgovor na liječenje. Na primjer, u nekim vrstama karcinoma dojke određene varijante spajanja ključnih gena povezane su sa lošom prognozom. Korištenjem naših izotermatskih setova za pojačavanje Mira RNA, istraživači mogu brzo i precizno otkriti ove varijante spajanja u uzorcima tumora, što potencijalno dovode do personaliziranih strategija liječenja.

U razvoju biologije, alternativni spajanje igra ključnu ulogu u diferencijaciji ćelija i razvoju tkiva. Otkrivanje promjena u obrascima spajanja tijekom razvoja može pružiti uvid u molekularne mehanizme koji su u osnovi ovih procesa. RNA izotermni setovi za pojačavanje mogu se koristiti za praćenje izraza različitih izoformama spajanja u različitim razvojnim fazama ili tipovima ćelija, olakšavanje razumijevanja vremenske i prostornog regulacije genskog izražavanja.

Kao dobavljač nudimo sveobuhvatnu tehničku podršku za korištenje naših Izotermskih setova za pojačavanje RNA u kontekstu otkrivanja alternativnog spajanja. Naš tehnički tim može pomoći u dizajnu temeljnog premaza, optimizaciji reakcijskih uvjeta i rješavanja problema. Također pružamo materijale za obuku i webinare kako bismo korisnicima pomogli da bolje razumiju rad naših setova.

Ukratko, RNA izotermatski setovi pojačanja imaju veliki potencijal za otkrivanje alternativnog spajanja RNA. Njihova jednostavnost, brzina i osjetljivost čine im vrijednim alatima u istraživanju događaja za spajanje. TheMira DNA izotermalni brzi amplifikacijski komplet fluorescencija,Mira RNA izotermalna brzo pojačana kit nukleinska kiselina test traka, iMira RNA izotermalna brzo pojačana komplet za pojačavanje fluorescencija - IIPonudite različite mogućnosti otkrivanja kako biste ispunili različite istraživačke potrebe.

Ako ste zainteresirani za upotrebu naših izotermatskih kompleta za pojačavanje za otkrivanje alternativnog spajanja u svojim istraživanjima, pozivamo vas da nas kontaktirate za više informacija i da bismo razgovarali o vašim specifičnim zahtjevima. Naš tim je posvećen pružanju visokog kvaliteta i odlične usluge za podršku vašim naučnim nastojanjima.

Reference:

1. Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, i dr. Petlja - posredovana izotermna pojačanja DNK. Nukleinske kiseline Res. 2000; 28 (12): E63.
2. Compton J. Nucleic Kisel Sequence - na bazi pojačanja. Priroda. 1991; 350 (6313): 91 - 92.
3. Piepenburg O, Williams Ch, Stemple DL, naoružane na. Detekcija DNK pomoću proteina rekombinacije. Plos Biol. 2006; 4 (7): E204.
4. Wang Et, Sandberg R, Luo s, i dr. Alternativna regulacija izoform u transkriptomima ljudskog tkiva. Priroda. 2008; 456 (7221): 470 - 476.